In de meeste overleveringen over Merlijn werd hij bij zijn geboorte weggehaald door de tovenaar zelf. Dit gebeurde omdat Merlijn een buitenechtelijk kind was, verwekt door de duivel en een vrouw. Zijn moeder, een dochter van de prins van Dyfed, was bang voor de reactie van haar familie en zocht daarom hulp bij Merlijn. Hij beloofde haar dat hij haar kind zou beschermen en nam hem mee naar zijn toverschool.
In sommige overleveringen wordt verteld dat Merlijn al voor zijn geboorte door Merlijn werd weggehaald. De duivel had namelijk voorspeld dat Merlijn een grote held zou worden en dat hij de duivel zou verslaan. Om dit te voorkomen, stuurde de duivel zijn handlangers naar de moeder van Merlijn. Ze vervingen haar kind door een steen en namen Merlijn mee naar de duivel. Merlijns moeder ontdekte dit pas enkele jaren later, toen ze haar kind terugzocht.
In welke versie van het verhaal het ook is, Merlijns verdwijning bij zijn geboorte is een belangrijk moment in zijn verhaal. Het is het moment waarop hij zijn toverkrachten ontdekt en zijn weg naar een grootse toekomst begint.